Apple vẫn giữ nguyên tắc hai năm một thiết kế cho sản phẩm của mình nên iPhone 6s không có khác biệt gì về thiết kế so với thế hệ trước ngoài việc máy dày và nặng hơn. Apple cũng bổ sung sửa chữa thêm màu vàng hồng cho iPhone 6s bên cạnh 3 màu xám, bạc và vàng đã sửa chữa iphone có từ thế hệ iphone trước.
Với những người từng dùng iPhone 6, bản 6s không mang lại nhiều cảm giác mới lạ ngoài việc máy cầm đầm tay hơn. Để phân biệt với bản cũ của năm ngoái, trừ màu vàng hồng, iPhone 6s có logo chữ S nằm ở mặt sau máy. Chất liệu chế tạo vỏ iPhone 6s là nhôm series 7000 có độ cứng tốt hơn nhiều so với thế hệ trước. Bên cạnh đó, Apple cũng đã thêm vào các gioăng cao su nhỏ bên trong giúp sản phẩm có khả năng chống nước nhẹ, mặc dù hãng không công bố tính năng này.

iPhone 6s vẫn sử dụng màn hình Retina HD độ phân giải 750 x 1.334 pixel với kích thước 4,7 inch như thế hệ trước. Màu sắc sửa chữa tái tạo rất tốt, không khác sửa chữa ipad nhiều so với thực tế, góc nhìn rất rộng và lớp kính phân cực ipad mới giúp quan sát ngoài trời rất tốt mà ít khi bị bóng hay lóa. Kích thước 4,7 inch vốn đã quen thuộc với những người dùng iPhone 6 nên việc cầm và sử dụng bằng một tay vẫn dễ dàng, đồng thời, các ứng dụng đã hỗ trợ tối đa cho chuẩn màn hình này của Apple nên rất tiện lợi.
Bên cạnh đó, điểm mới là Apple đã trang bị công nghệ cảm ứng lực 3D Touch lên màn hình iPhone 6s. Với công nghệ này, ngoài các tính năng vuốt và chạm như trước đây, người dùng còn có thể bấm nhẹ vào các ứng dụng, hình ảnh… để xem trước nội dụng hoặc các tuỳ chọn. 3D Touch sử dụng khá hay và tiện lợi, tuy nhiên, hiện nay chưa có nhiều ứng dụng hỗ trợ tính năng này.
Do tích hợp thêm lớp cảm ứng 3D Touch nên iPhone 6s cũng dày và nặng hơn thế hệ trước mặc dù có cùng thiết kế và kích thước

iPhone 6s chạy hệ điều hành iOS 9 mới nhất của Apple, tuy nhiên, hệ điều hành này vẫn chưa được hoàn thiện hẳn. Một số người vẫn gặp lỗi như máy tự tắt khi để ở chế độ tắt màn hình, lúc này, việc cần làm là bấm nút Home và phím nguồn giữ trong sửa wifi 10 giây để máy khởi động lại sửa wifi iPhone 4s .
Một cải tiến đáng giá trên iPhone 6s so với iPhone 4s là cảm biến vân tay trên nút Home nhạy hơn so với thế hệ trước. Khi sử dụng thực tế, gần như không có độ trễ khi dùng cảm biến vân tay để mở khoá!